イスラエルとイランの間で停戦が全面的に発効し、一部で懸念されていたより大規模な戦争への拡大を回避し、敵対行為の終結が期待される状況となった。

敵対行為の停止は6月25日午前0時に始まり、空爆や弾道ミサイル攻撃、米国の介入を含む1週間以上にわたる戦闘が終結した。

ドナルド・トランプ米大統領は6月23日、イランとイスラエルの間で和平交渉をまとめたと発表した。これは、米国がイランの核施設3カ所（イスファハン、ナタンズ、フォルドゥ）を攻撃し、イランの核兵器用の核分裂性物質の生産能力を壊滅させることを狙ったものだった。

トランプ氏は、停戦は火曜日の午前0時から24時間かけて段階的に実施され、まずイランが攻撃を停止し、その後イスラエルが攻撃を停止すると述べた。

敵対行為停止の数時間前、双方は相手が合意に違反したと非難し合い、トランプ氏はイランとイスラエル双方に「冷静になるよう」呼びかけた。

停戦直前には、イスラエルによるイランへの新たな空爆がイスラム政権の報復を招き、イランはロケットを発射したが着弾しなかったとされる。テヘランは合意違反を否定し、イランの国営メディアもこれを報じた。
トランプはこれらの事件の後、両国に対して不満を表明し、両国とも停戦に違反したと述べた。

「（イランは）違反したが、イスラエルも違反した」「私はイスラエルに満足していない」とトランプ氏はオランダのハーグでのNATOサミットに出発する前、ホワイトハウスで記者団に語った。

イスラエルは違反があったとされることへの対応としてイランのレーダーを攻撃したが、トランプ氏の要請で撤退した。

「イスラエルはイランを攻撃しない。すべての航空機は引き返し、イランに対して友好的な“プレーン・ウェーブ（挨拶飛行）”を行う。誰も傷つかず、停戦は発効している！」とトランプ氏は火曜日朝、Truth Socialに投稿した。

その後、イスラエルのベンヤミン・ネタニヤフ首相は、さらなる攻撃を控えると表明した。ネタニヤフ氏はまた、今回の紛争におけるイスラエル軍の作戦を称賛し、イランの核能力が攻撃によって大きく損なわれたと述べた。
「何十年もの間、イランに核兵器を持たせないと約束してきたが、実際にイランの核計画を壊滅させた」とネタニヤフ氏は火曜日のテレビ演説で語った。

イスラエルが航空機を撤退させた後、火曜日には双方による追加の違反は発生せず、国連、トルコ、中国、欧州連合、パキスタンなど国際社会が停戦支持を表明し、双方に遵守を呼びかけた。

イスラエルのカッツ国防相は、ピート・ヘグセス米国防長官と会談し、「相手側が守る限り停戦を尊重する」と約束した。

カッツ氏はX（旧Twitter）への投稿で、イランの核の脅威に対するイスラエルの作戦にトランプ氏が関与した決断についてもヘグセス氏に感謝したと述べた。

トランプ氏の承認を受けた6月21日の米国による攻撃は、国際原子力機関（IAEA）が6月13日にイランがウラン235を60％まで濃縮し、兵器級（90％）に近づいていると発表したことを受けて行われた。

トランプ氏は攻撃後、標的となったイランの核施設3カ所が「完全かつ徹底的に壊滅した」と発表した。

イスラエル国防軍（IDF）のエヤル・ザミール参謀総長は、イスラエル軍がイランの核計画を数年分後退させることに成功したものの、「イランとの戦いは終わっていない」と述べた。

「驚異的な成果にもかかわらず、我々は地に足をつけ続けなければならない」「今後も多くの課題が残っている」と彼は付け加え、今回の紛争におけるIDFとイスラエル空軍の行動を称賛した。

今後イスラエルの焦点はガザに戻り、テロ組織ハマスの解体と全ての人質の帰還に移るとした。

ブラッド・クーパー副提督は火曜日、米上院軍事委員会で、週末に米B-2スピリット・ステルス爆撃機によるイランの核施設3カ所への破壊的攻撃の後でも、イランは「依然として相当な戦術的能力を有している」と述べた。

イランが米軍や世界中の米国人にとって依然として脅威かどうか問われると、「脅威である」と答えた。